ピノ・ノワール以外のブルゴーニュ品種（シャルドネ、アリゴテ、ガメイ）の歴史は、それほど古くありません。ガメイが文献に登場するのは1395年、アリゴテは1667年、シャルドネは1685-90年です。いずれもピノノワールとグーエブランの自然交配によってできた品種と考えられています。ピノノワール、グーエブランは中世に広く栽培されていたことは分かっていますが、もっと古くからあったと言われています。

これら3品種を、ピノノワールおよびグーエブランの塩基配列と比べてみました。

Microsatellite	VVS2	VVMD5	VVMD7	VVMD27	VRZAG62	VRZAG79	VVMD25	VVMD28	VVMD32
Pinot Noir
Allele 1	137	230	239	186	188	239	239	218	240
Allele 2	151	240	243	190	194	245	249	236	272
Gouais Blanc
Allele 1	131	232	239	176	196	238	238	227	249
Allele 2	141	238	249	178	204	244	254	245	271
Chardonay
Allele 1	137	236	239	182	188	243	239	218	240
Allele 2	143	240	243	190	196	245	255	228	272
Gamay
Allele 1	133	236	239	182	194	243	239	218	240
Allele 2	137	240	249	190	204	245	239	246	272

ピノノワールとグーエブランで共通するSSRマーカーはAllele 1では2箇所、Allele 2では1箇所のみとなっており、別の品種であることが分かります。

しかし、シャルドネは、Allele 1のうち6個がピノノワールと同じ、Allele 2では5個が同じです。グーエブランとはそれぞれ3個が共通しています。ガメイは、Allele 1、2ともにピノノワール、グーエブランとそれぞれ4個ずつ共通です。

関連性が強いことはうかがえますが、共通しているSSRマーカーはいずれのAlleleにも存在するため、交配した時点から長い年月を経てそれぞれ変化している、あるいは複数回の交配が発生したと考えます。